| 药物开发研究所 | 1989年 |
| 肝胆研究所 | 2001年 |
| 分子生殖医学中心 | 2001年 |
| 临床肿瘤学研究所 | 2005年 |
| 公共健康医学中心 | 2005年 |
| 神经病学研究所 | 2006年 |
| 风湿与免疫疾病研究所 | 2012年 |
| 干细胞与再生医学中心 | 2013年 |
| 中国医院改革发展研究院 | 2014年 |
| 泌尿外科学研究所 | 2014年 |
| 呼吸病学研究所 | 2016年 |
| 医学3D打印研究所 | 2017年 |
| 心胸血管疾病研究所 | 2017年 |
| 护理医学研究所 | 2020年 |
| 神经外科研究所 | 2020年 |
| 病毒与感染病研究所 | 2021年 |
| 胰腺病研究所 | 2021年 |
| 脊柱外科研究所 | 2021年 |
| 中医研究院 | 2021年 |
| 心脏再生与修复研究所 | 2021年 |
| 医学影像与人工智能研究所 | 2021年 |
| 重症医学与应急救援研究所 | 2021年 |
| 脑重大疾病转化医学研究所 | 2021年 |
| 代谢病研究所 | 2022年 |
| 口腔医学研究所 | 2023年 |
